Im Jahr 1996 kam der Audi S6 plus (erkennbar am blauen Balken im damaligen Audi-Sport-Emblem) auf den Markt. Es handelte sich hierbei nicht um ein Sondermodell des S6, sondern um das erste eigenständige Fahrzeug der Quattro GmbH, die als Tochterunternehmen der Audi AG Modifizierungen an Audi Fahrzeugen vornahm und bei aktuellen Modellen auch noch vornimmt. Der S6 Plus hatte einen leistungsgesteigerten V8-Motor mit 240 kW und 6-Gang-Handschaltgetriebe. Er verfügte über Zusatzausstattung gegenüber dem S6 und wurde als Limousine und Kombi (Avant) angeboten. Mit diesem Fahrzeug begann die Quattro GmbH erstmals als direktes Tochterunternehmen von Audi selbst mit der Fertigung von Fahrzeugen und übernahm später die Produktion der "RS"- und "R"- Reihen wie RS4; RS6 (ebenfalls als RS6 plus verfügbar) bis hin zum R8. Im Gegensatz dazu wurde der ab 1994 verfügbare Namensgeber der Reihe, der Audi RS2 (auf Basis des Audi 80) in Kooperation mit Porsche entwickelt und gefertigt.

Vom S6 Plus wurden bis 1997 nur 97 Limousinen und 855 Kombis gebaut. Am 1. Januar 2010 waren noch 21 Limousinen und 201 Avant [1] in Deutschland angemeldet, was den S6 plus zu einem relativ seltenen Automodell macht.